RESUMEN
Contexte: Les epidemies constituent des menaces majeures dans les pays en developpement ou les outils de surveillance pour leur detection precoce et de reponse sont souvent inadequats. Au Senegal, depuis 2012, le Ministere de la sante en association avec l'Institut Pasteur de Dakar (IPD), a mis en place un systeme integre de surveillance sentinelle. Nous decrivons les etapes de developpement d'un systeme de surveillance sentinelle et les informations qu'il fournit au bon moment pour ameliorer la prise de decision en sante publique. Methodes: Le reseau 4S au Senegal repose sur des donnees de syndromes febriles et diarrheiques recueillies par des praticiens generalistes sentinelles (PGS). Les PGS communiquent a temps reel des donnees epidemiologiques (consultation totale, cas de fievre, paludisme, syndromes grippaux/COVID-19, suspicions d'arboviroses et les cas diarrhees) via une application androide. Les definitions utilisees sont celles de l'OMS et s'appuient sur des criteres cliniques. Les donnees sont validees et analysees a temps reel via une plateforme de detection precoce (EWS). Resultats: En 2021, le reseau 4S, qui comprenait 25 sites sentinelles, a identifie plusieurs alertes epidemiques qui ont ete ensuite confirmees. Cinq alertes etaient liees aux epidemies saisonnieres de la grippe et les vagues de COVID-19, deux avec des suspicions d'arboviroses. Sur un total de 205 000 consultations toutes causes confondues, 12,0 % etaient lies a des syndromes febriles. Parmi ces fievres, 33,0 % etaient lies a des syndromes grippaux/COVID-19, 9,2 % aux suspicions d'arboviroses, 13,6 % a des acces palustres confirmes et 4 % a des diarrhees febriles. Discussion/Conclusion: Le reseau 4S represente le premier systeme national de surveillance en << temps reel >> du Senegal. Il a demontre la faisabilite d'ameliorer la capacite de surveillance des maladies a potentiel epidemique grace a des systemes innovants en depit des contraintes de ressources avec des mesures de controle qui limitent leur impact et aident a prevenir d'autres epidemies. Declaration de liens d'interets: Les auteurs declarent ne pas avoir de liens d'interets.Copyright © 2022
RESUMEN
Background: The Omicron variant B.1.1.529 has led to a new dynamic in the COVID-19 pan-demic, with an increase in cases worldwide. Its rapid propagation favors the emergence of novel sub-lineages, including BA.4 and BA.5. The latter has shown increased transmissibility compared to other Omicron sub-lineages. In Senegal, the emergence of the Omicron variant in December 2021 characterized the triggering of a short and dense epidemiological wave that peaked at the end of February. This wave was followed by a period with a significant drop in the number of COVID-19 cases, but an upsurge in SARS-CoV-2 infection has been noted since mid-June. Objective(s): The purpose of this brief report is to give an update regarding the genomic situation of SARS-CoV-2 in Dakar during this phase of recrudescence of cases. Method(s): We performed amplicon-based SARS-CoV-2 sequencing on nasopharyngeal swab samples from declared COVID-19 patients and outbound travelers that tested positive. Result(s): Ongoing genomic surveillance activities showed that more than half of recent COVID-19 cases were due to the BA.4 and BA.5 sub-lineages that share two critical mutations associated with increased transmissibility and immune response escape. The circulation of recombinants between Omicron sub-lineages was also noted. Conclusion(s): Despite the lack of proven severity of BA.4 and BA.5 sub-lineages, their increased transmis-sibility causes a rapid spread of the virus, hence a surge in the number of cases. This rapid spread consti-tutes a greater risk of exposure for vulnerable patients. To tackle this issue, any increase in the number of cases must be monitored to support public health stakeholders. Therefore, genomic surveillance is an ever-essential element in managing this pandemic.Copyright © 2022 Bentham Science Publishers.
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Contexte Les épidémies constituent des menaces majeures dans les pays en développement où les outils de surveillance pour leur détection précoce et de réponse sont souvent inadéquats. Au Sénégal, depuis 2012, le Ministère de la santé en association avec l'Institut Pasteur de Dakar (IPD), a mis en place un système intégré de surveillance sentinelle. Nous décrivons les étapes de développement d'un système de surveillance sentinelle et les informations qu'il fournit au bon moment pour améliorer la prise de décision en santé publique. Méthodes Le réseau 4S au Sénégal repose sur des données de syndromes fébriles et diarrhéiques recueillies par des praticiens généralistes sentinelles (PGS). Les PGS communiquent à temps réel des données épidémiologiques (consultation totale, cas de fièvre, paludisme, syndromes grippaux/COVID-19, suspicions d'arboviroses et les cas diarrhées) via une application androïde. Les définitions utilisées sont celles de l'OMS et s'appuient sur des critères cliniques. Les données sont validées et analysées à temps réel via une plateforme de détection précoce (EWS). Résultats En 2021, le réseau 4S, qui comprenait 25 sites sentinelles, a identifié plusieurs alertes épidémiques qui ont été ensuite confirmées. Cinq alertes étaient liées aux épidémies saisonnières de la grippe et les vagues de COVID-19, deux avec des suspicions d'arboviroses. Sur un total de 205 000 consultations toutes causes confondues, 12,0 % étaient liés à des syndromes fébriles. Parmi ces fièvres, 33,0 % étaient liés à des syndromes grippaux/COVID-19, 9,2 % aux suspicions d'arboviroses, 13,6 % à des accès palustres confirmés et 4 % à des diarrhées fébriles. Discussion/Conclusion Le réseau 4S représente le premier système national de surveillance en « temps réel » du Sénégal. Il a démontré la faisabilité d'améliorer la capacité de surveillance des maladies à potentiel épidémique grâce à des systèmes innovants en dépit des contraintes de ressources avec des mesures de contrôle qui limitent leur impact et aident à prévenir d'autres épidémies. Déclaration de liens d'intérêts Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d'intérêts.